公司由北京协和医院与新华联集团（中国企业500强和中国民营企业100强）于2007年5月10日共同出资成立，注册资本4200万元，其前身为北京协和医院变应原制剂室。
公司依托具有全球研发视野和丰富运营经验的专业团队，以及多重知识产权保护的过敏原技术平台，通过在研发、生产、销售领域的不断变革与创新，建立了过敏原检测产品、变应原制剂和以微生态调节为主的健康产品三个平台，已发展成为过敏反应领域的全系列产品提供商。业务覆盖生物制药、大健康等领域。
公司开发的化学发光过敏原sIgE和食物sIgG体外诊断检测试剂盒于2015年获批上市，该产品具有广阔的市场前景。2016年过敏原特异性IgE抗体检测试剂盒（胶体金免疫层析法）获批上市。2017年公司又推出了协和益生系列益生菌产品，在过敏疾病和其他慢性疾病的预防和辅助治疗方面丰富了产品组合。2018年成功研制并上市了代表过敏原诊断领域高质量标准的户尘螨和蒿属花粉两类国家二级标准物质。
新华联协和药业专注过敏疾病领域的预防、诊断与治疗，通过整合内外各种资源，不断完善产业链布局，科技创新成果成功转化，产业化效果显著，于2019年12月荣获我国产学研界协同创新的最高荣誉奖“中国产学研合作创新与促进奖”。进入伟大的21世纪20年代，公司实施“一主两翼”的新战略，站在巨人的肩膀上，深耕过敏疾病诊断和治疗的同时，展开人体微生态调节和应用的翅膀，在国民健康领域展翅飞翔。
